研究業績

  • 論文(査読有り)

2017

  • Nomura K, Tanimoto Y, Hayashi F, Harada E, Shan XY, Shionyu M, Hijikata A, Shirai T, Morigaki K, Shimamoto K. (2017) The role of the prod1 membrane anchor in newt limb regeneration. Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 56:270-274.[Publisher][Pubmed]

2014

  • Hasegawa M, Yasuda Y, Tanaka M, Nakata K, Umeda E, Wnag Y, Watanabe C, Uetake S, Kunoh T, Shionyu M, Sasaki R, Shiina I, Mizukami T. (2014) A novel tamoxifen derivative, ridaifen-F, is a nonpeptidic small-molecule proteasome inhibitor. Eur. J. Med. Chem. 71:290-305.[Publisher] [Pubmed]

2013

  • Nakae S, Ito S, Higa M, Senoura T, Wasaki J, Hijikata A, Shionyu M, Ito S, Shirai T. (2013) Structure of novel enzyme in mannan biodegradation process 4-O-β-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase MGP. J. Mol. Biol. 425:4468-4478. [Publisher][Pubmed]

2012

  • Shionyu M, Takahashi K, Go M. (2012) AS-EAST: a functional annotation tool for putative proteins encoded by alternatively spliced transcripts. Bioinformatics 28:2076-2077.[Publisher][Pubmed]
  • Hirako SShionyu M. (2012) DINE: A novel score function for modeling multidomain protein structures with domain linker and interface restraints. IPSJ Transaction on Bioinformatics 5:18-26.[Publisher]

2010

  • Ogawa H, Shionyu M, Sugiura N, Hatano S, Nagai N, Kubota Y, Nishiwaki K, Sato T, Gotoh M, Narimatsu H, Shimizu K, Kimata K, Watanabe H. (2010) Chondroitin sulfate synthase-2/chondroitin polymerizing factor has two variants with distinct function. J. Biol. Chem. 285:34155-34167.[Publisher][Pubmed]

2009

  • Yura K, Sulaiman S, Hatta YShionyu M, Go M, (2009) RESOPS: A Database for Analyzing the Correspondence of RNA Editing Sites to Protein Three-Dimensional Structures. Plant and Cell Physiology 50:1865-1873.[Publisher][PubMed]
  • 由良 敬, 塩生真史 , 藤 博幸, (2009) 構造バイオインフォマティクス, 蛋白質核酸酵素 (PNE) 増刊号『融合発展する構造生物学とケミカルバイオロジーの最前線』 54:1535-1541 [PubMed]
  • Shionyu M, Yamaguchi A, Shinoda K, Takahashi K, Go M. (2009) AS-ALPS: a database for analyzing the effects of alternative splicing on protein structure, interaction and network in human and mouse. Nucleic Acids Res. 37(Database issue):D305-D309.[Publisher] [PubMed]

2008

  • Hasegawa M, Kinoshita K, Nishimura C, Matsumura U, Shionyu M, Ikeda S, Mizukami T. (2008) Affinity labeling of the proteasome by a belactosin A derived inhibitor. Bioorg Med Chem Lett. 18:5668-5671.[Publisher] [PubMed]
  • Iida K, Shionyu M, Suso Y. (2008) Alternative splicing at NAGNAG acceptor sites shares common properties in land plants and mammals. Mol. Biol. Evol. 25:709-718.[Publisher] [PubMed]
  • Genome Information Integration Project and H-Invitational 2 Consortium (**Shionyu M** is the 101st of 138 authors). (2008) The H-Invitational Database (H-InvDB), a Comprehensive Annotation Resource for Human Genes and Transcripts. Nucleic Acids Res. 36:D793-D799.[Publisher] [PubMed]

2007

  • Watanabe H, Shionyu M, Kimura T, Kimata K, Watanabe H. (2007) Splicing factor 3b subunit 4 binds BMPR-IA and inhibits osteochondral cell differentiation. J. Biol. Chem. 282:20728-20738.[Publisher] [PubMed]

2006

  • Yura K, Shionyu M, Hagino K, Hijikata A, Hirashima Y, Nakahara T, Eguchi T, Shinoda K, Yamaguchi A, Takahashi K, Itoh T, Imanishi T, Gojobori T, Go M. (2006) Alternative splicing in human transcriptome: functional and structural influence on proteins. Gene 380:63-71.[Publisher] [PubMed]
  • Takeda J, Suzuki Y, Nakao M, Barrero RA, Koyanagi KO, Jin L, Motono C, Hata H, Isogai T,Nagai K, Otsuki T, Kuryshev V, Shionyu M, Yura K, Go M, Thierry – Mieg J, Thierry – Mieg D, Wiemann S, Nomura N, Sugano S, Gojobori T, Imanishi T. (2006) Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56,419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs. Nucleic Acids Res. 34:3917-3928.[Publisher] [PubMed]

2003

  • Matsumoto K, Shionyu M, Go M, Shimizu K, Shinomura T, Kimata K, Watanabe H. (2003) Distinct interaction of versican/PG-M with hyaluronan and link protein. J. Biol. Chem. 278:41205-41212.[Publisher] [PubMed]
  • Yada T, Gotoh M, Sato T, Shionyu M, Go M, Kaseyama H, Iwasaki H, Kikuchi N, Kwon YD, Togayachi A, Kudo T, Watanabe H, Narimatsu H, Kimata K. (2003) Chondroitin sulfate synthase-2. Molecular cloning and characterization of a novel human glycosyltransferase homologous to chondroitin sulfate glucuronyltransferase, which has dual enzymatic activities. J. Biol. Chem. 278:30235-30247.[Publisher] [PubMed]

2001

  • Shionyu M, Takahashi K, Go M. (2001) Variable subunit contact and cooperativity of hemoglobins. J. Mol. Evol. 53:416-429.[Publisher] [PubMed]

1999

  • Yura K, Shionyu M, Kawatani K, Go M. (1999) Repetitive use of a phosphate-binding module in DNA polymerase beta, Oct-1 POU domain and phage repressors. Cell Mol. Life Sci. 55:472-486.[Publisher] [PubMed]

紀要(査読有り)

2007

  • Go M, Yura K, Shionyu M. (2007) Contribution of computational biology and structural genomics to understand genome and transcriptome, Frontiers of Computational Science: Proceedings of the international sysmposium on frontiers of computational science 2005, (Y Kaneda, H. Kawamura, M. Sasai Eds.), Springer, 75-80.[Publisher]

著書

2004

  • 高橋健一, 塩生真史(分担執筆), 2004 UNIX・プログラミング基礎, 基礎と実習バイオインフォマティクス(高橋健一・郷 通子 編集)共立出版, p.1-25.
  • 土方敦司, 塩生真史, 郷 通子(分担執筆), 2004 ホモロジーモデリングと機能予測 , 基礎と実習バイオインフォマティクス(高橋健一・郷 通子 編集)共立出版, p.113-132.

学会・研究会発表

2016

  • 塩生真史, 郷 通子, 由良 敬, 「プリン合成系の成り立ち −全酵素の俯瞰的な構造比較から-」, 第39回日本分子生物学会年会(横浜), 2016年12月2日(口頭発表の共著)
  • 塩生真史, 「Het-PDB Navi2: タンパク質立体構造中に含まれる低分子化合物のデータベース」, 第39回日本分子生物学会年会(横浜), 2016年12月1日(ポスター)
  • Pramote Teerasetmanakul, 塩生真史,「機械学習に基づく機能未知スプライシングアイソフォームの機能性推定」, 第39回日本分子生物学会年会(横浜), 2016年12月1日(ポスター)
  • 辻 敏之, 土方敦司, 中江 摂, 米澤弘毅, 高橋健一, 依田隆夫, 塩生真史, 白井 剛, 「Structural bioinformatics, Supramolecule, Protein modeling, Drug design」, 第39回日本分子生物学会年会(横浜), 2016年12月1日(口頭発表の共著)
  • 土方敦司, 辻 敏之, 塩生真史, 白井 剛, 「タンパク質の高次構造から読み解く遺伝性疾患多様性メカニズム」, 第39回日本分子生物学会年会(横浜), 2016年11月30日(ポスター)
  • Pramote Teerasetmanakul, Masafumi Shionyu, 「Evaluation of functionality of uncharacterized splicing isoforms using machine learning techniques」, 第54回日本生物物理学会年会(つくば), 2016年11月27日(ポスター)
  • Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai, 「ベクトル表現化したアミノ酸残基のマッチングによるタンパク質-リガンド結合予測」, 第54回日本生物物理学会年会(つくば), 2016年11月25日(ポスター)
  • Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai, 「A new approach for protein-ligand binding predictions based on matching of vector-represented amino acid residues」, 第5回生命医薬情報学連合大会(東京), 2016年9月29日(ポスター)
  • 塩生真史, 宮澤賢生, 土方敦司, 白井 剛,「マルチドメインタンパク質の構造予測スコアDINEの高精度化」, 第16回日本蛋白質科学会年会(福岡), 2016年6月9日(ポスター)
  • 土方敦司, 塩生真史, 白井 剛,「アミノ酸残基相互作用ベクトルマッチに基づくタンパク質―低分子ドッキング法」, 第16回日本蛋白質科学会年会(福岡), 2016年6月9日(ポスター)

2015

  • 土方敦司, 塩生真史, 白井 剛, 「アミノ酸残基相互作用統計に基づくタンパク質—タンパク質ドッキング法の開発」, jSBI 2015(宇治), 2015年10月29~30日(ポスター)
  • Masafumi Shionyu, 「Function prediction of uncharacterized splicing isoforms」, 第53回日本生物物理学会年会(金沢), 2015年9月14日(ポスター)
  • Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai, 「A statistical amino acid pair potential to re-rank protein-protein docking poses predicted by a vector match algorithm」, 第53回日本生物物理学会年会(金沢), 2015年9月14日(ポスター)
  • 塩生真史, 土方敦司, 白井 剛,「マルチドメインタンパク質の構造予測サーバの構築」, 第15回日本蛋白質科学会年会(徳島), 2015年6月26日(ポスター)
  • 土方敦司, 塩生真史, 白井 剛,「タンパク質相互作用統計に基づくタンパク質ータンパク質ドッキングポーズのスコアリング法の開発」, 第15回日本蛋白質科学会年会(徳島), 2015年6月26日(ポスター)

2014

  • 郷 通子, 塩生真史, 由良 敬,「イントロンの起源をどう考えるかー発見から現在までー」, 第37回日本分子生物学会年会(横浜), 2014年11月25日(口頭・ポスター発表の共著者)
  • 土方敦司, 塩生真史, 白井 剛, 「タンパク質複合体立体構造の統計データに基づくタンパク質ドッキング法」, jSBI 2014(仙台), 2014年10月2~3日(ポスター)
  • Masafumi Shionyu, Atsushi Hijikata, Tsuyoshi Shirai, 「Prediction of 3D structures of multidomain proteins composed of more than two domains」, 第52回日本生物物理学会年会(札幌), 2014年9月25日(ポスター)
  • Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai, 「A protein-protein docking prediction method not relying on the shape complementarity」, 第52回日本生物物理学会年会(札幌), 2014年9月26日(ポスター)
  • 中江 摂, 伊藤重陽, 川口和輝, 瀬野浦 武志, 和崎 淳, 土方敦司, 塩生真史, 伊藤 進, 白井 剛, 「マンノシルグルコース加リン酸分解酵素 MGP の基質複合体の構造解析」, 第14回日本蛋白質科学会年会(横浜), 2014年6月27日(ポスター)
  • 土方敦司, 塩生真史, 白井 剛, 「タンパク質相互作用統計に基づくタンパク質―タンパク質ドッキングポーズ探索法の開発」, 第14回日本蛋白質科学会年会(横浜), 2014年6月27日(ポスター)
  • 冨田竜平平子 暁塩生真史, 「結合インターフェースにおけるアミノ酸残基出現頻度を用いた低分子リガンド推定法の開発」, 第14回日本蛋白質科学会年会(横浜), 2014年6月27日(ポスター)

2013

  • Masafumi ShionyuShiori Ikeda, Ken-ichi Takahashi, 「Evaluation of functional significance of splicing isoforms」, 第51回日本生物物理学会年会(京都), 2013年10月28日(ポスター)
  • 長谷川慎, 田中誠, 安田ゆかり, 塩生真史, 佐々木隆造, 水上民夫, 中田健也, 梅田絵梨, 王エンブン, 渡邊千尋, 植竹祥子, 椎名勇, 「新規タモキシフェン誘導体リダイフェン-Fに見出されたプロテアソーム阻害作用の 構造活性相関研究」, 日本ケミカルバイオロジー学会第8回年会(東京)2013年6月21日(共著発表)
  • 池田志織, 高橋健一, 塩生真史, 「疎水性コア欠失型スプライシングアイソフォームの構造と機能の評価」, 第13回日本蛋白質科学会年会(鳥取)2013年6月14日(ポスター)

2012

  • Ryuhei TomitaSatoru HirakoMasafumi Shionyu, 「Prediction of interface residues for small-molecule ligands using interface residue propensities」, 第35回日本分子生物学会年会(福岡), 2012年12月14日(ポスター)
  • Shiori Ikeda, Ken-ichi Takahashi, Masafumi Shionyu, 「Conservation and expression analyses of splicing isoforms lacking part of the hydrophobic core」, 第35回日本分子生物学会年会(福岡), 2012年12月14日(ポスター)
  • Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go,「Development of a functional and structural annotation tool of novel protein isoforms produced by alternative splicing」第50回日本生物物理学会年会(名古屋), 2012年9月22日(ポスター)
  • 池田志織, 高橋健一, 塩生真史, 「保存された選択的スプライシングがタンパク質疎水性コアに与える影響の解析」, 第12回日本蛋白質科学会年会(名古屋), 2012年6月22日(ポスター)
  • 冨田竜平平子 暁塩生真史, 「アミノ酸残基の結合傾向値を用いた機能未知タンパク質における低分子リガンド結合部位の予測」, 第12回日本蛋白質科学会年会(名古屋), 2012年6月22日(ポスター)
  • 平子 暁塩生真史, 「DINEスコアを用いたドメイン集合体構造のモデリング」, 第12回日本蛋白質科学会年会(名古屋), 2012年6月22日(ポスター)

2011

  • Shiori Ikeda, Ken-ichi Takahashi, Masafumi Shionyu, 「Comprehensive analysis of the effects of alternative splicing on protein structures」, 第34回日本分子生物学会年会(横浜), 2011年12月14日(ポスター)
  • Satoru HirakoMasafumi Shionyu, 「Development of a scoring function to predict multidomain protein structures using individual domain structures」, 第34回日本分子生物学会年会(横浜), 2011年12月14日(ポスター)
  • Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go, 「AS-EAST: a web tool for functional annotation of protein isoforms produced by alternative splicing」, 第34回日本分子生物学会年会(横浜), 2011年12月14日(口頭・ポスター)
  • Satoru HirakoMasafumi Shionyu, 「Development of a scoring function for domain-domain docking to predict multi-domain protein structures」, 第49回日本生物物理学会年会(姫路), 2011年9月16日(口頭)
  • 池田志織, 高橋健一, 塩生真史 ,「タンパク質立体構造の疎水性コアに対する選択的スプライシングの影響」, 第11回日本蛋白質科学会年会 (大阪), 2011年6月8日(ポスター)
  • 平子暁塩生真史, 「マルチドメインタンパク質の立体構造をモデリングするアルゴリズムの開発」, 第11回日本蛋白質科学会年会(大阪), 2011年6月7日(ポスター)

2010

  • Satoru HirakoHideaki IshikawaMasafumi Shionyu, 「Development of a modeling tool for 3D structures of multi-domain proteins」,BMB2010(神戸), 2010年12月9日(ポスター)
  • Satoru HirakoHideaki IshikawaMasafumi Shionyu, 「Development of an algorithm for modeling of multi-domain proteins」, 日本生物物理学会第48回年会(仙台), 2010年9月22日(ポスター)
  • 平子暁石川英明塩生真史, 「予測したドメイン間相互作用部位を用いたマルチドメインタンパク質の立体構造モデリング」, 第10回日本蛋白質科学会年会(札幌), 2010年6月16日(ポスター)
  • Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go, 「AS-ALPS: a Database for Inferring Effects of Alternative Splicing Based on the Protein 3D Structure」, AYRCOB 2010(台南), 2010年3月10-11日(ポスター)

2009

  • 石川英明塩生真史, 「複数の方法の組み合わせによる構造ドメイン予測法の開発」, 第32回日本分子生物学会年会(横浜), 2009年12月11日(ポスター)
  • Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go,「A web service for functional annotations of protein isoforms produced by alternative splicing」, 第32回日本分子生物学会年会(横浜), 2009年12月11日(ポスター)
  • Kei Yura, Sintawee Sulaiman, Yosuke HattaMasafumi Shionyu, Mitiko Go, 「RESOPS: A database of RNA editing sites in plant organelle mapped onto protein three-dimensional structures」, 第32回日本分子生物学会年会(横浜), 2009年12月11日(ポスター)
  • Masafumi ShionyuHideaki IshikawaSatoru Hirako, 「Prediction of domain-domain interaction sites from interface propensity and known interface positions of homologs」, 日本生物物理学会第47回年会(徳島), 2009年10月30日(ポスター)
  • 平子 暁石川英明塩生真史, 「アミノ酸残基出現傾向を用いた相互作用部位推定法の開発」, 第9回日本蛋白質科学会年会(熊本), 2009年5月22日(ポスター)
  • Satoru HirakoMasafumi Shionyu, 「Development of a prediction method for small molecular interaction sites using amino acid propensity.」, The 4th Joint Seminar of Marine Bio NURI Center, Pukyong National University and Pusan National University and Nagahama Institute of Bio-Science and Technology(韓国・釜慶), 2009年4月(ポスター)

2008

  • 塩生真史, 山口晶大, 高橋健一, 郷 通子, 「選択的スプライシングの影響を蛋白質立体構造に基づき推定するためのデータベースの構築」, BMB2008(神戸), 2008年12月12日(ポスター)
  • 石川英明塩生真史, 「配列類似性を用いない構造ドメイン予測法の開発」, BMB2008(神戸), 2008年12月12日(ポスター)
  • 帖佐一範, 塩生真史, 高橋健一, 「欠失型スプライシング・バリアント蛋白質の立体構造モデリング法の開発」, BMB2008(神戸), 2008年12月12日(ポスター)
  • Masafumi ShionyuHideaki IshikawaSatoru Hirako, 「Development of a method for predicting domain-domain interface」, 日本生物物理学会第46回年会(福岡), 2008年12月4日(ポスター)
  • 塩生真史, 山口晶大, 高橋健一, 郷 通子, 「選択的スプライシングによる蛋白質多様化の実態を推定するためのデータベースの構築」, 日本遺伝学会第80回大会(名古屋), 2008年9月4日(口頭)
  • 平子 暁, 由良 敬, 塩生真史, 「タンパク質表面残基解析による低分子相互作用面推定法の開発」, 第8回日本蛋白質科学会年会(東京), 2008年6月10日(ポスター)

2007

  • 郷 通子, 由良 敬, 塩生真史, 「選択的スプライシングがもたらすタンパク質構造への影響」, 第45回日本生物物理学会年会(横浜), 2007年12月22日(共著発表)
  • 平子 暁, 由良 敬, 塩生真史, 「タンパク質立体構造情報に基づく低分子相互作用面推定法の開発」, 第7回日本蛋白質科学会年会(仙台), 2007年5月25日(ポスター)
  • Satoru Hirako, Kei Yura, Masafumi Shionyu, 「Development of a prediction method for ligand interaction surface based on three-dimensional protein structure.」, The 2nd Joint Seminar of Marine Bio NURI Center, Pukyong National University and Nagahama Institute of Bio-Science and Technology (韓国・釜慶), 2007年4月(口頭・ポスター)

2006

  • Masafumi Shionyu, Kei Yura, Mitiko Go, 「A possible effect of alternative splicing on multiple regions of a single protein」, 5th EABS & 44th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan(沖縄), 2006年11月13-14日(ポスター)
  • Masafumi Shionyu, Kei Yura, Atsushi Hijikata, Taku Nakahara, Kazuki Shinoda, Akihiro Yamaguchi, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go, 「Systematic detection of protein regions affected by alternative splicing」, 20th IUBMB(京都), 2006年6月22日(ポスター)
  • Satoru Hirako, Kei Yura, Masafumi Shionyu, 「Development of prediction method for protein-ligand interaction sites.」, The 1st Joint Seminar of Nagahama Institute of Bio-Science and Technology and Marine Bio NURI Center, Pukyong National University (滋賀・長浜), 2006年4月(口頭・ポスター)

2005

  • 塩生真史, 由良 敬, 土方敦司, 中原 拓, 篠田和紀, 山口晶大, 高橋健一, 郷 通子, 「選択的スプライシングによるタンパク質多様化」, 日本生物物理学会第43回年会(札幌), 2005年11月24日(口頭)

2004

  • 塩生真史, 由良 敬, 萩野 圭, 土方敦司, 平島義紀, 中原 拓, 江口達也, 篠田和紀, 山口晶大, 高橋健一, 伊藤 剛, 今西 規, 五條堀 孝, 郷 通子, 「選択的スプライシングによる蛋白質立体構造への影響」, 日本生物物理学会第42回年会(京都), 2004年12月(ポスター)
  • Masafumi Shionyu, Kei Yura, Kazuki Shinoda, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go, 「Development of a method for assessing the influence of alternative splicing based on protein three-dimensional structure」, Symposium on Alternate Transcript Diversity – Data, Biology and Therapeutics(UK), 2004年11月(ポスター)
  • 塩生真史, 由良 敬, 伊藤 剛, 今西 規, 五條堀 孝, 郷 通子, 「選択的スプライシングが及ぼすタンパク質構造・機能への影響」, 日本遺伝学会第76回大会(吹田), 2004年8月(口頭)
  • Masafumi Shionyu, Yoshinori Hirashima, Kei Yura, Atsushi Hijikata, Mitiko Go, 「Effects of alternative splicing on protein structure and function」, PRICPS2004(横浜), 2004年4月(ポスター)