研究業績 – 生物情報解析学研究室（塩生研）

注1) 論文と紀要は特に明示がなければ査読有り
注2) 太字の斜体は研究室所属の学生

論文

2024

Mori S, Shionyu M, Shimamoto K, Nomura K. (2024) Bacterial Glycolipid Acting on Protein Transport Across Membranes. ChemBioChem. 25:e202300808 DOI: 10.1002/cbic.202300808. [Publisher][Pubmed]

2023

Zhu Y, Shigeyoshi K, Hayakawa Y, Fujiwara S, Kishida M, Ohki H, Horibe T, Shionyu M, Mizukami T, Hasegawa M. (2023) Acceleration of Protein Degradation by 20S Proteasome-Binding Peptides Generated by In Vitro Artificial Evolution. Int. J. Mol. Sci. 24:17486 DOI:10.3390/ijms242417486. [Publisher][Pubmed]
塩生真史, 土方敦司, 白井剛 (2023) タンパク質-リガンド結合予測と創薬への活用, PHARM STAGE, 23:38-46. [Publisher]（査読無し）

2022

Nomura K, Mori S, Fujikawa K, Osawa T, Tsuda S, Yoshizawa-Kumagaye K, Masuda S, Nishio H, Yoshiya T, Yoda T, Shionyu M, Shirai T, Nishiyama KI, Shimamoto K. (2022) Role of a bacterial glycolipid in Sec-independent membrane protein insertion.Sci. Pep. 12:12231 DOI: 10.1038/s41598-022-16304-1. [Publisher][Pubmed]
Mori S, Nomura K, Fujikawa K, Osawa T, Shionyu M, Yoda T, Shirai T, Tsuda S, Yoshizawa-Kumagaye K, Masuda S, Nishio H, Yoshiya T, Suzuki S, Muramoto M, Nishiyama K, Shimamoto K. (2022) Intermolecular Interactions between a Membrane Protein and a Glycolipid Essential for Membrane Protein Integration. ACS Chem. Biol. 17: 609-618 DOI: 10.1021/acschembio.1c00882 [Publisher][Pubmed]
Hijikata A, Shionyu-Mitsuyama C, Nakae S, Shionyu M, Ota M, Kanaya S, Hirokawa T, Nakajima S, Watashi K, Shirai T. (2022) Evaluating cepharanthine analogues as natural drugs against SARS-CoV-2. FEBS Open Bio. 12: 285-294. DOI: 10.1002/2211-5463.13337 [Publisher][Pubmed]

2021

Hijikata A, Shionyu C, Nakae S, Shionyu M, Ota M, Kanaya S, Shirai T. (2021) Current Status of Structure-based Drug Repurposing against COVID-19 by Targeting SARS-CoV-2 Proteins. Biophys. Physicobiol., 18: 226-240. DOI: 10.2142/biophysico.bppb-v18.025 [Publisher][Pubmed]
土方敦司, 塩生くらら, 中江摂, 塩生真史, 太田元規, 金谷重彦, 白井剛 (2021) SARS-CoV-2タンパク質構造モデルによる薬剤候補予測, 生物物理, 61, 102-106. DOI: 10.2142/biophys.61.102 [Publisher]

2020

Hijikata A, Shionyu-Mitsuyama C, Nakae S, Shionyu M, Ota M, Kanaya S, Shirai T. (2020) Knowledge-based Structural Models of SARS-CoV-2 Proteins and Their Complexes With Potential Drugs. FEBS Lett., 594: 1960-1973. DOI: 10.1002/1873-3468.13806 [Publisher][Pubmed]

2019

Nakamae I, Morimoto T, Shima H, Shionyu M, Fujiki H, Yoneda-Kato N, Yokoyama T, Kanaya S, Kakiuchi K, Shirai T, Meiyanto E, Kato JY. (2019) Curcumin Derivatives Verify the Essentiality of ROS Upregulation in Tumor Suppression. Molecules, 24: 4067. DOI: 10.3390/molecules24224067 [Publisher] [Pubmed]
Lestari B, Nakamae I, Yoneda-Kato N, Morimoto T, Kanaya S, Yokoyama T, Shionyu M, Shirai T, Meiyanto E, Kato JY. (2019) Pentagamavunon-1 (PGV-1) inhibits ROS metabolic enzymes and suppresses tumor cell growth by inducing M phase (prometaphase) arrest and cell senescence.Sci. Pep., 9: 14867. DOI:10.1038/s41598-019-51244-3 [Publisher] [Pubmed]
土方敦司, 辻敏之, 塩生真史, 白井剛 (2019) 超分子グラフシステムによるGWAS解析の研究, 細胞, 51,34-38（査読無し）[J-GLOBAL]
Nakae S, Shionyu M, Ogawa T, Shirai T. (2019) Crystallization of Pearl Biomineralization Protein in Microgravity Environments. Int. J. Microgravity Sci. Appl., 36:360105. DOI:10.15011//jasma.36.360105 [Publisher]

2018

Nakae S, Shionyu M, Ogawa T, Shirai T. (2018) Structures of jacalin-related lectin PPL3 regulating pearl shell biomineralization. Proteins, 86:644-653. DOI: 10.1002/prot.25491 [Publisher] [Pubmed]
Tanaka M, Zhu Y, Shionyu M, Ota N, Shibata N, Watanabe C, Mizusawa A, Sasaki R, Mizukami T, Shiina I, Hasegawa M. (2018) Ridaifen-F conjugated with cell-penetrating peptides inhibits intracellular proteasome activities and induces drug-resistant cell death. Eur. J. Med. Chem., 146:636-650. DOI: 10.1016/j.ejmech.2018.01.045 [Publisher] [Pubmed]

2017

Hijikata A, Tsuji T, Shionyu M, Shirai T. (2017) Decoding disease-causing mechanisms of missense mutations from supramolecular structures. Sci. Rep., 7:8541. DOI: 10.1038/s41598-017-08902-1 [Publisher] [Pubmed]
Nomura K, Tanimoto Y, Hayashi F, Harada E, Shan XY, Shionyu M, Hijikata A, Shirai T, Morigaki K, Shimamoto K. (2017) The role of the prod1 membrane anchor in newt limb regeneration. Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 56:270-274. DOI: 10.1002/anie.201609703 [Publisher][Pubmed]

2014

Hasegawa M, Yasuda Y, Tanaka M, Nakata K, Umeda E, Wnag Y, Watanabe C, Uetake S, Kunoh T, Shionyu M, Sasaki R, Shiina I, Mizukami T. (2014) A novel tamoxifen derivative, ridaifen-F, is a nonpeptidic small-molecule proteasome inhibitor. Eur. J. Med. Chem. 71:290-305.[Publisher] [Pubmed]

2013

Nakae S, Ito S, Higa M, Senoura T, Wasaki J, Hijikata A, Shionyu M, Ito S, Shirai T. (2013) Structure of novel enzyme in mannan biodegradation process 4-O-β-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase MGP. J. Mol. Biol. 425:4468-4478. [Publisher][Pubmed]

2012

Shionyu M, Takahashi K, Go M. (2012) AS-EAST: a functional annotation tool for putative proteins encoded by alternatively spliced transcripts. Bioinformatics 28:2076-2077.[Publisher][Pubmed]
Hirako S, Shionyu M. (2012) DINE: A novel score function for modeling multidomain protein structures with domain linker and interface restraints. IPSJ Transaction on Bioinformatics 5:18-26.[Publisher]

2010

Ogawa H, Shionyu M, Sugiura N, Hatano S, Nagai N, Kubota Y, Nishiwaki K, Sato T, Gotoh M, Narimatsu H, Shimizu K, Kimata K, Watanabe H. (2010) Chondroitin sulfate synthase-2/chondroitin polymerizing factor has two variants with distinct function. J. Biol. Chem. 285:34155-34167.[Publisher][Pubmed]

2009

Yura K, Sulaiman S, Hatta Y, Shionyu M, Go M, (2009) RESOPS: A Database for Analyzing the Correspondence of RNA Editing Sites to Protein Three-Dimensional Structures. Plant and Cell Physiology 50:1865-1873.[Publisher][PubMed]
由良敬, 塩生真史 , 藤博幸, (2009) 構造バイオインフォマティクス, 蛋白質核酸酵素 (PNE) 増刊号『融合発展する構造生物学とケミカルバイオロジーの最前線』 54:1535-1541 [PubMed]
Shionyu M, Yamaguchi A, Shinoda K, Takahashi K, Go M. (2009) AS-ALPS: a database for analyzing the effects of alternative splicing on protein structure, interaction and network in human and mouse. Nucleic Acids Res. 37(Database issue):D305-D309.[Publisher] [PubMed]

2008

Hasegawa M, Kinoshita K, Nishimura C, Matsumura U, Shionyu M, Ikeda S, Mizukami T. (2008) Affinity labeling of the proteasome by a belactosin A derived inhibitor. Bioorg Med Chem Lett. 18:5668-5671.[Publisher] [PubMed]
Iida K, Shionyu M, Suso Y. (2008) Alternative splicing at NAGNAG acceptor sites shares common properties in land plants and mammals. Mol. Biol. Evol. 25:709-718.[Publisher] [PubMed]
Genome Information Integration Project and H-Invitational 2 Consortium (**Shionyu M** is the 101st of 138 authors). (2008) The H-Invitational Database (H-InvDB), a Comprehensive Annotation Resource for Human Genes and Transcripts. Nucleic Acids Res. 36:D793-D799.[Publisher] [PubMed]

2007

Watanabe H, Shionyu M, Kimura T, Kimata K, Watanabe H. (2007) Splicing factor 3b subunit 4 binds BMPR-IA and inhibits osteochondral cell differentiation. J. Biol. Chem. 282:20728-20738.[Publisher] [PubMed]

2006

Yura K, Shionyu M, Hagino K, Hijikata A, Hirashima Y, Nakahara T, Eguchi T, Shinoda K, Yamaguchi A, Takahashi K, Itoh T, Imanishi T, Gojobori T, Go M. (2006) Alternative splicing in human transcriptome: functional and structural influence on proteins. Gene 380:63-71.[Publisher] [PubMed]
Takeda J, Suzuki Y, Nakao M, Barrero RA, Koyanagi KO, Jin L, Motono C, Hata H, Isogai T,Nagai K, Otsuki T, Kuryshev V, Shionyu M, Yura K, Go M, Thierry – Mieg J, Thierry – Mieg D, Wiemann S, Nomura N, Sugano S, Gojobori T, Imanishi T. (2006) Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56,419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs. Nucleic Acids Res. 34:3917-3928.[Publisher] [PubMed]

2003

Matsumoto K, Shionyu M, Go M, Shimizu K, Shinomura T, Kimata K, Watanabe H. (2003) Distinct interaction of versican/PG-M with hyaluronan and link protein. J. Biol. Chem. 278:41205-41212.[Publisher] [PubMed]
Yada T, Gotoh M, Sato T, Shionyu M, Go M, Kaseyama H, Iwasaki H, Kikuchi N, Kwon YD, Togayachi A, Kudo T, Watanabe H, Narimatsu H, Kimata K. (2003) Chondroitin sulfate synthase-2. Molecular cloning and characterization of a novel human glycosyltransferase homologous to chondroitin sulfate glucuronyltransferase, which has dual enzymatic activities. J. Biol. Chem. 278:30235-30247.[Publisher] [PubMed]

2001

Shionyu M, Takahashi K, Go M. (2001) Variable subunit contact and cooperativity of hemoglobins. J. Mol. Evol. 53:416-429.[Publisher] [PubMed]

1999

Yura K, Shionyu M, Kawatani K, Go M. (1999) Repetitive use of a phosphate-binding module in DNA polymerase beta, Oct-1 POU domain and phage repressors. Cell Mol. Life Sci. 55:472-486.[Publisher] [PubMed]

紀要

2007

Go M, Yura K, Shionyu M. (2007) Contribution of computational biology and structural genomics to understand genome and transcriptome, Frontiers of Computational Science: Proceedings of the international sysmposium on frontiers of computational science 2005, (Y Kaneda, H. Kawamura, M. Sasai Eds.), Springer, 75-80.[Publisher]

著書

2004

高橋健一, 塩生真史（分担執筆）, 2004 UNIX・プログラミング基礎, 基礎と実習バイオインフォマティクス（高橋健一・郷通子編集）共立出版, p.1-25.
土方敦司, 塩生真史, 郷通子（分担執筆）, 2004 ホモロジーモデリングと機能予測 , 基礎と実習バイオインフォマティクス（高橋健一・郷通子編集）共立出版, p.113-132.

学会・研究会発表

2024

Masafumi Shionyu, Momoka Nakamoto, Atsushi Hijikata, Takashi Nakamura, Yukio Mukai, 「Predicting Novel PLP-binding Proteins Using Transfer Learning of Graph Neural Network-based Ligand-binding Site Prediction」IUPAB2024（京都）, 2024年6月26日（ポスター）

2023

塩生真史, 前原大和, 土方敦司, 「グラフニューラルネットワークと転移学習による低分子リガンド結合部位の予測」第23回日本蛋白質科学会年会（名古屋）, 2023年7月7日（ポスター）

2022

Masafumi Shionyu, Momoka Nakamoto, Atsushi Hijikata, Takashi Nakamura, Yukio Mukai,「Prediction of novel PLP-binding proteins using graph neural network」第45回日本分子生物学会年会（千葉）, 2022年12月2日（ポスター）
Masafumi Shionyu, Momoka Nakamoto, Atsushi Hijikata, Yukio Mukai,「Prediction of novel PLP-binding proteins from budding yeast proteome」第60回日本生物物理学会年会（函館）, 2022年9月30日（ポスター）

2021

Masafumi Shionyu, Atsushi Hijikata, 「Protein-cofactor binding prediction with graph neural networks」第59回日本生物物理学会年会（オンライン）, 2021年11月27日（口頭発表）
Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai,「A new method to predict potential drug targets using a disease-protein-drug network graph」第59回日本生物物理学会年会（オンライン）, 2021年11月27日（口頭発表共著）
塩生真史, 土方敦司,「グラフニューラルネットワークを用いたタンパク質の低分子リガンド結合予測」第21回日本蛋白質科学会年会（オンライン）, 2021年6月19日（ポスター）
土方敦司,塩生真史,白井剛,「Drug Target eXcavator: 新規ヒト創薬ターゲット探索ツールの開発」第21回日本蛋白質科学会年会（オンライン）, 2021年6月19日（ポスター共著）
塩生くらら,塩生真史,土方敦司,太田元規,金谷重彦,白井剛「天然物データベースの高度化と構造創薬への応用」第21回日本蛋白質科学会年会（オンライン）, 2021年6月19日（ポスター共著）

2020

Masafumi Shionyu , Tomohiro Hatta , Atsushi Hijikata, 「Prediction of PLP-binding proteins by using machine learning-based methods」第58回日本生物物理学会年会（オンライン）, 2020年9月16-18日（ポスター）
Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai, 「DTX: An integrative web tool for exploring new potential drug targets in humans」, 第58回日本生物物理学会年会（オンライン）, 2020年9月16-18日（ポスター共著）

2019

土方敦司, 塩生真史,白井剛, 「タンパク質高次構造に基づくヒトミスセンスバリアントの分子機能への影響を予測する手法の開発」, 第42回日本分子生物学会年会（福岡）, 2019年12月6日（ポスター共著）
Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai,「A local structural environment descriptor toward evaluating impact of rare variants in humans on protein structures and functions」, 第57回日本生物物理学会年会（宮崎）, 2019年9月26日（ポスター共著）
Masafumi Shionyu, Atsushi Hijikata,「Machine learning models for predicting ligand-binding sites using residue-wise features」, 第57回日本生物物理学会年会（宮崎）, 2019年9月26日（ポスター）
Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai,「Drug Target Excavator: An Integrative Web Tool for Identifying New Potential Drug Targets」,第8回生命医薬情報連合大会(IIBMP2019)（鶴岡）, 2019年9月10日（口頭発表共著）
土方敦司, 塩生真史, 白井剛,「タンパク質高次構造情報に基づくヒトミスセンス変異の分子機能への影響を予測する手法の開発」,第19回日本蛋白質科学会年会第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会（神戸）, 2019年6月25日（ポスター共著）
塩生真史, 山崎まど香, 土方敦司「結合傾向値を特徴量とした機械学習による低分子リガンド結合残基予測」, 第19回日本蛋白質科学会年会第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会（神戸）, 2019年6月25日（ポスター）

2018

土方敦司, 塩生真史,白井剛, 「薬物応答性の個人差をタンパク質立体構造情報から探る」, 第41回日本分子生物学会年会（横浜）, 2018年11月30日（ポスター共著）
土方敦司, 塩生真史,白井剛, 「薬物応答性の個人差をタンパク質立体構造から探る」, 第7回生命医薬情報連合大会(IIBMP2018)（鶴岡） , 2018年9月19日（ポスター共著）
Masafumi Shionyu, Atsushi Hijikata,「Analysis of characteristics of function-unknown splicing isoforms in human」, 第56回日本生物物理学会年会（岡山）, 2018年9月17日（ポスター）
Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai,「Development of a method for predicting pathogenicity of missense variants incorporating
supramolecular structural information」, 第56回日本生物物理学会年会（岡山）, 2018年9月17日（ポスター共著）
Setsu Nakae, Masafumi Shionyu, Tomohisa Ogawa, Tsuyoshi Shirai,「Structure analysis of PPL3 regulating pearl shell biomineralization」, 第56回日本生物物理学会年会（岡山）, 2018年9月15日（ポスター共著）
小川智久, 中江摂, アグネスエセルラグザラ, 永沼孝子, 村本光二, 比江森恵子, 平林淳, 舘野浩章, 塩生真史, 白井剛, 「マベ真珠由来ジャカリン様レクチンのX線構造解析による立体構造と糖鎖認識能の解明」, 第37回日本糖質学会年会（仙台）, 2018年8月30日（口頭発表共著）
塩生真史, 土方敦司, 白井剛,「立体構造情報に基づく PLP 結合タンパク質の予測法の開発」, 第18回蛋白質科学会年会（新潟）, 2018年6月28日（ポスター）
土方敦司, 塩生真史, 白井剛,「薬物応答性の個人差をタンパク質立体構造から探る」,第18回日本蛋白質科学会年会（新潟）, 2018年6月28日（ポスター共著）
中江摂, 塩生真史, 小川智久, 白井剛,「マベガイ由来ジャカリン関連レクチンPPL3の構造」,第18回日本蛋白質科学会年会（新潟）, 2018年6月28日（ポスター共著）

2017

土方敦司, 辻敏之, 中江摂, 米澤弘毅, 高橋健一, 依田隆夫, 塩生真史, 白井剛,「超分子構造インフォマティクスの疾患メカニズム解析への応用」, 2017年度生命科学系合同年次大会(ConBio2017)（神戸）, 2017年12月7日（口頭発表共著）
塩生真史, 郷通子,「Het-PDB Navi2: タンパク質 – 低分子複合体構造から得られる相互作用部位のデータベース」, トーゴーの日2017（東京）, 2017年10月5日（ポスター）, doi:10.18908/togo2017.p028
Atsushi Hijikata, Toshiyuki Tsuji, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai, 「Decoding disease-causing mechanisms of missense mutations from supramolecular structures」, 第6回生命医薬情報学連合大会（札幌）, 2017年9月29日（口頭発表共著）
Pramote Teerasetmanakul, Masafumi Shionyu, 「Estimating functionality of expression-unconfirmed splicing isoforms at the protein level」, 第55回日本生物物理学会年会（熊本）, 2017年9月21日（ポスター共著）
Atsushi Hijikata, Toshiyuki Tsuji, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai, 「Towards predicting functional consequences of genetic variants in humans through supramolecular complex structures」, 第55回日本生物物理学会年会（熊本）, 2017年9月19日（ポスター共著）
土方敦司, 辻敏之, 塩生真史, 白井剛, 「超分子複合体構造から読み解くミスセンス変異と疾患表現系との関係」,第17回日本蛋白質科学会（仙台）, 2017年6月20日（ポスター共著）
Pramote Teerasetmanakul, 塩生真史,「選択的スプライシングにより作られるタンパク質の機械学習による機能性予測」, 第17回日本蛋白質科学会（仙台）, 2017年6月20日（ポスター共著）

2016

塩生真史, 郷通子, 由良敬, 「プリン合成系の成り立ち −全酵素の俯瞰的な構造比較から-」, 第39回日本分子生物学会年会（横浜）, 2016年12月2日（口頭発表共著）
塩生真史, 「Het-PDB Navi2: タンパク質立体構造中に含まれる低分子化合物のデータベース」, 第39回日本分子生物学会年会（横浜）, 2016年12月1日（ポスター共著）
Pramote Teerasetmanakul, Masafumi Shionyu,「Functionality estimation of uncharacterized splicing isoforms based on machine learning algorithms」, 第39回日本分子生物学会年会（横浜）, 2016年12月1日（ポスター共著）
辻敏之, 土方敦司, 中江摂, 米澤弘毅, 高橋健一, 依田隆夫, 塩生真史, 白井剛, 「疾患メカニズムの解明と創薬応用のための超分子モデリングパイプライン」, 第39回日本分子生物学会年会（横浜）, 2016年12月1日（口頭発表共著）
土方敦司, 辻敏之, 塩生真史, 白井剛, 「タンパク質の高次構造から読み解く遺伝性疾患多様性メカニズム」, 第39回日本分子生物学会年会（横浜）, 2016年11月30日（ポスター共著）
Pramote Teerasetmanakul, Masafumi Shionyu, 「Evaluation of functionality of uncharacterized splicing isoforms using machine learning techniques」, 第54回日本生物物理学会年会（つくば）, 2016年11月27日（ポスター共著）
Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai, 「ベクトル表現化したアミノ酸残基のマッチングによるタンパク質-リガンド結合予測」, 第54回日本生物物理学会年会（つくば）, 2016年11月25日（ポスター共著）
Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai, 「A new approach for protein-ligand binding predictions based on matching of vector-represented amino acid residues」, 第5回生命医薬情報学連合大会（東京）, 2016年9月29日（ポスター共著）
塩生真史, 宮澤賢生, 土方敦司, 白井剛,「マルチドメインタンパク質の構造予測スコアDINEの高精度化」, 第16回日本蛋白質科学会年会（福岡）, 2016年6月9日（ポスター）
土方敦司, 塩生真史, 白井剛,「アミノ酸残基相互作用ベクトルマッチに基づくタンパク質―低分子ドッキング法」, 第16回日本蛋白質科学会年会（福岡）, 2016年6月9日（ポスター共著）

2015

土方敦司, 塩生真史, 白井剛, 「アミノ酸残基相互作用統計に基づくタンパク質—タンパク質ドッキング法の開発」, jSBI 2015（宇治）, 2015年10月29~30日（ポスター共著）
Masafumi Shionyu, 「Function prediction of uncharacterized splicing isoforms」, 第53回日本生物物理学会年会（金沢）, 2015年9月14日（ポスター）
Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai, 「A statistical amino acid pair potential to re-rank protein-protein docking poses predicted by a vector match algorithm」, 第53回日本生物物理学会年会（金沢）, 2015年9月14日（ポスター共著）
塩生真史, 土方敦司, 白井剛,「マルチドメインタンパク質の構造予測サーバの構築」, 第15回日本蛋白質科学会年会（徳島）, 2015年6月26日（ポスター）
土方敦司, 塩生真史, 白井剛,「タンパク質相互作用統計に基づくタンパク質ータンパク質ドッキングポーズのスコアリング法の開発」, 第15回日本蛋白質科学会年会（徳島）, 2015年6月26日（ポスター共著）

2014

郷通子, 塩生真史, 由良敬,「イントロンの起源をどう考えるかー発見から現在までー」, 第37回日本分子生物学会年会（横浜）, 2014年11月25日（口頭・ポスター共著）
土方敦司, 塩生真史, 白井剛, 「タンパク質複合体立体構造の統計データに基づくタンパク質ドッキング法」, jSBI 2014（仙台）, 2014年10月2~3日（ポスター共著）
Masafumi Shionyu, Atsushi Hijikata, Tsuyoshi Shirai, 「Prediction of 3D structures of multidomain proteins composed of more than two domains」, 第52回日本生物物理学会年会（札幌）, 2014年9月25日（ポスター）
Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai, 「A protein-protein docking prediction method not relying on the shape complementarity」, 第52回日本生物物理学会年会（札幌）, 2014年9月26日（ポスター共著）
中江摂, 伊藤重陽, 川口和輝, 瀬野浦武志, 和崎淳, 土方敦司, 塩生真史, 伊藤進, 白井剛, 「マンノシルグルコース加リン酸分解酵素 MGP の基質複合体の構造解析」, 第14回日本蛋白質科学会年会（横浜）, 2014年6月27日（ポスター共著）
土方敦司, 塩生真史, 白井剛, 「タンパク質相互作用統計に基づくタンパク質―タンパク質ドッキングポーズ探索法の開発」, 第14回日本蛋白質科学会年会（横浜）, 2014年6月27日（ポスター共著）
冨田竜平, 平子暁, 塩生真史, 「結合インターフェースにおけるアミノ酸残基出現頻度を用いた低分子リガンド推定法の開発」, 第14回日本蛋白質科学会年会（横浜）, 2014年6月27日（ポスター共著）

2013

Masafumi Shionyu, Shiori Ikeda, Ken-ichi Takahashi, 「Evaluation of functional significance of splicing isoforms」, 第51回日本生物物理学会年会（京都）, 2013年10月28日（ポスター）
長谷川慎, 田中誠, 安田ゆかり, 塩生真史, 佐々木隆造, 水上民夫, 中田健也, 梅田絵梨, 王エンブン, 渡邊千尋, 植竹祥子, 椎名勇, 「新規タモキシフェン誘導体リダイフェン-Fに見出されたプロテアソーム阻害作用の構造活性相関研究」, 日本ケミカルバイオロジー学会第8回年会（東京）2013年6月21日（ポスター共著）
池田志織, 高橋健一, 塩生真史, 「疎水性コア欠失型スプライシングアイソフォームの構造と機能の評価」, 第13回日本蛋白質科学会年会（鳥取）2013年6月14日（ポスター共著）

2012

Ryuhei Tomita, Satoru Hirako, Masafumi Shionyu, 「Prediction of interface residues for small-molecule ligands using interface residue propensities」, 第35回日本分子生物学会年会（福岡）, 2012年12月14日（ポスター共著）
Shiori Ikeda, Ken-ichi Takahashi, Masafumi Shionyu, 「Conservation and expression analyses of splicing isoforms lacking part of the hydrophobic core」, 第35回日本分子生物学会年会（福岡）, 2012年12月14日（ポスター共著）
Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go,「Development of a functional and structural annotation tool of novel protein isoforms produced by alternative splicing」第50回日本生物物理学会年会（名古屋）, 2012年9月22日（ポスター）
池田志織, 高橋健一, 塩生真史, 「保存された選択的スプライシングがタンパク質疎水性コアに与える影響の解析」, 第12回日本蛋白質科学会年会（名古屋）, 2012年6月22日（ポスター共著）
冨田竜平, 平子暁, 塩生真史, 「アミノ酸残基の結合傾向値を用いた機能未知タンパク質における低分子リガンド結合部位の予測」, 第12回日本蛋白質科学会年会（名古屋）, 2012年6月22日（ポスター共著）
平子暁, 塩生真史, 「DINEスコアを用いたドメイン集合体構造のモデリング」, 第12回日本蛋白質科学会年会（名古屋）, 2012年6月21日（ポスター共著）

2011

Shiori Ikeda, Ken-ichi Takahashi, Masafumi Shionyu, 「Comprehensive analysis of the effects of alternative splicing on protein structures」, 第34回日本分子生物学会年会（横浜）, 2011年12月14日（ポスター共著）
Satoru Hirako, Masafumi Shionyu, 「Development of a scoring function to predict multidomain protein structures using individual domain structures」, 第34回日本分子生物学会年会（横浜）, 2011年12月14日（ポスター共著）
Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go, 「AS-EAST: a web tool for functional annotation of protein isoforms produced by alternative splicing」, 第34回日本分子生物学会年会（横浜）, 2011年12月14日（口頭・ポスター）
Satoru Hirako, Masafumi Shionyu, 「Development of a scoring function for domain-domain docking to predict multi-domain protein structures」, 第49回日本生物物理学会年会（姫路）, 2011年9月16日（口頭発表）
池田志織, 高橋健一, 塩生真史 ,「タンパク質立体構造の疎水性コアに対する選択的スプライシングの影響」, 第11回日本蛋白質科学会年会（大阪）, 2011年6月8日（ポスター共著）
平子暁, 塩生真史, 「マルチドメインタンパク質の立体構造をモデリングするアルゴリズムの開発」, 第11回日本蛋白質科学会年会（大阪）, 2011年6月7日（ポスター共著）

2010

Satoru Hirako, Hideaki Ishikawa, Masafumi Shionyu, 「Development of a modeling tool for 3D structures of multi-domain proteins」,BMB2010（神戸）, 2010年12月9日（ポスター共著）
Satoru Hirako, Hideaki Ishikawa, Masafumi Shionyu, 「Development of an algorithm for modeling of multi-domain proteins」, 日本生物物理学会第48回年会（仙台）, 2010年9月22日（ポスター共著）
平子暁, 石川英明, 塩生真史, 「予測したドメイン間相互作用部位を用いたマルチドメインタンパク質の立体構造モデリング」, 第10回日本蛋白質科学会年会（札幌）, 2010年6月16日（ポスター共著）
Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go, 「AS-ALPS: a Database for Inferring Effects of Alternative Splicing Based on the Protein 3D Structure」, AYRCOB 2010（台南）, 2010年3月10-11日（ポスター）

2009

石川英明, 塩生真史, 「複数の方法の組み合わせによる構造ドメイン予測法の開発」, 第32回日本分子生物学会年会（横浜）, 2009年12月11日（ポスター共著）
Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go,「A web service for functional annotations of protein isoforms produced by alternative splicing」, 第32回日本分子生物学会年会（横浜）, 2009年12月11日（ポスター）
Kei Yura, Sintawee Sulaiman, Yosuke Hatta, Masafumi Shionyu, Mitiko Go, 「RESOPS: A database of RNA editing sites in plant organelle mapped onto protein three-dimensional structures」, 第32回日本分子生物学会年会（横浜）, 2009年12月11日（ポスター共著）
Masafumi Shionyu, Hideaki Ishikawa, Satoru Hirako, 「Prediction of domain-domain interaction sites from interface propensity and known interface positions of homologs」, 日本生物物理学会第47回年会（徳島）, 2009年10月30日（ポスター）
平子暁, 石川英明, 塩生真史, 「アミノ酸残基出現傾向を用いた相互作用部位推定法の開発」, 第9回日本蛋白質科学会年会（熊本）, 2009年5月22日（ポスター共著）
Satoru Hirako, Masafumi Shionyu, 「Development of a prediction method for small molecular interaction sites using amino acid propensity.」, The 4th Joint Seminar of Marine Bio NURI Center, Pukyong National University and Pusan National University and Nagahama Institute of Bio-Science and Technology(韓国・釜慶), 2009年4月（ポスター共著）

2008

塩生真史, 山口晶大, 高橋健一, 郷通子, 「選択的スプライシングの影響を蛋白質立体構造に基づき推定するためのデータベースの構築」, BMB2008（神戸）, 2008年12月12日（ポスター）
石川英明, 塩生真史, 「配列類似性を用いない構造ドメイン予測法の開発」, BMB2008（神戸）, 2008年12月12日（ポスター共著）
帖佐一範, 塩生真史, 高橋健一, 「欠失型スプライシング・バリアント蛋白質の立体構造モデリング法の開発」, BMB2008（神戸）, 2008年12月12日（ポスター共著）
Masafumi Shionyu, Hideaki Ishikawa, Satoru Hirako, 「Development of a method for predicting domain-domain interface」, 日本生物物理学会第46回年会（福岡）, 2008年12月4日（ポスター共著）
塩生真史, 山口晶大, 高橋健一, 郷通子, 「選択的スプライシングによる蛋白質多様化の実態を推定するためのデータベースの構築」, 日本遺伝学会第80回大会（名古屋）, 2008年9月4日（口頭発表）
平子暁, 由良敬, 塩生真史, 「タンパク質表面残基解析による低分子相互作用面推定法の開発」, 第8回日本蛋白質科学会年会（東京）, 2008年6月10日（ポスター共著）

2007

郷通子, 由良敬, 塩生真史, 「選択的スプライシングがもたらすタンパク質構造への影響」, 第45回日本生物物理学会年会（横浜）, 2007年12月22日（口頭発表共著）
平子暁, 由良敬, 塩生真史, 「タンパク質立体構造情報に基づく低分子相互作用面推定法の開発」, 第7回日本蛋白質科学会年会（仙台）, 2007年5月25日（ポスター共著）
Satoru Hirako, Kei Yura, Masafumi Shionyu, 「Development of a prediction method for ligand interaction surface based on three-dimensional protein structure.」, The 2nd Joint Seminar of Marine Bio NURI Center, Pukyong National University and Nagahama Institute of Bio-Science and Technology (韓国・釜慶), 2007年4月（口頭・ポスター共著）

2006

Masafumi Shionyu, Kei Yura, Mitiko Go, 「A possible effect of alternative splicing on multiple regions of a single protein」, 5th EABS & 44th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan（沖縄）, 2006年11月13-14日（ポスター）
Masafumi Shionyu, Kei Yura, Atsushi Hijikata, Taku Nakahara, Kazuki Shinoda, Akihiro Yamaguchi, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go, 「Systematic detection of protein regions affected by alternative splicing」, 20th IUBMB（京都）, 2006年6月22日（ポスター）
Satoru Hirako, Kei Yura, Masafumi Shionyu, 「Development of prediction method for protein-ligand interaction sites.」, The 1st Joint Seminar of Nagahama Institute of Bio-Science and Technology and Marine Bio NURI Center, Pukyong National University (滋賀・長浜), 2006年4月（口頭発表・ポスター共著）

2005

塩生真史, 由良敬, 土方敦司, 中原拓, 篠田和紀, 山口晶大, 高橋健一, 郷通子, 「選択的スプライシングによるタンパク質多様化」, 日本生物物理学会第43回年会（札幌）, 2005年11月24日（口頭発表）

2004

塩生真史, 由良敬, 萩野圭, 土方敦司, 平島義紀, 中原拓, 江口達也, 篠田和紀, 山口晶大, 高橋健一, 伊藤剛, 今西規, 五條堀孝, 郷通子, 「選択的スプライシングによる蛋白質立体構造への影響」, 日本生物物理学会第42回年会（京都）, 2004年12月（ポスター）
Masafumi Shionyu, Kei Yura, Kazuki Shinoda, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go, 「Development of a method for assessing the influence of alternative splicing based on protein three-dimensional structure」, Symposium on Alternate Transcript Diversity – Data, Biology and Therapeutics（UK）, 2004年11月（ポスター）
塩生真史, 由良敬, 伊藤剛, 今西規, 五條堀孝, 郷通子, 「選択的スプライシングが及ぼすタンパク質構造・機能への影響」, 日本遺伝学会第76回大会（吹田）, 2004年8月（口頭）
Masafumi Shionyu, Yoshinori Hirashima, Kei Yura, Atsushi Hijikata, Mitiko Go, 「Effects of alternative splicing on protein structure and function」, PRICPS2004（横浜）, 2004年4月（ポスター）